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分析目的

越來越多的證據(jù)表明，腫瘤微環(huán)境(免疫細(xì)胞浸潤)在腫瘤的發(fā)生和發(fā)展中起著重要作用，并且還可以影響患者的預(yù)后。腫瘤免疫微環(huán)境是揭示腫瘤及亞型異質(zhì)性和患者不同預(yù)后和治療反應(yīng)的重要因素。

數(shù)據(jù)來源

自測(cè)數(shù)據(jù)或公共數(shù)據(jù)庫里的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

分析方法
通過分析腫瘤樣品的免疫和基質(zhì)評(píng)分以檢測(cè)差異表達(dá)基因，篩選腫瘤微環(huán)境中的關(guān)鍵預(yù)后基因，并構(gòu)建了腫瘤微環(huán)境相關(guān)的預(yù)后模型。首先，從TCGA數(shù)據(jù)庫獲得了腫瘤患者的mRNA-Seq和相關(guān)臨床信息，并使用ESTIMATE算法計(jì)算了腫瘤組織的基質(zhì)和免疫評(píng)分。然后，進(jìn)行功能富集分析，并從與腫瘤微環(huán)境高度相關(guān)的差異基因中生成了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。最后，對(duì)TCGA的腫瘤數(shù)據(jù)集進(jìn)行Cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸分析，并對(duì)浸潤的免疫細(xì)胞和人類蛋白質(zhì)圖譜進(jìn)行分析。

分析內(nèi)容
（1）差異表達(dá)基因的鑒定、每個(gè)樣本的各類免疫細(xì)胞組分
（2）腫瘤 vs 對(duì)照的免疫細(xì)胞組分差異表達(dá)分析

分析結(jié)果示例圖