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4D-label free定量蛋白質組學
作者：admin2022-06-13 09:41
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實驗介紹
4D-label free蛋白質組學是基于timsTOF Pro離子淌度平臺的新一代非標記蛋白組學技術，通過數據依賴性采集-同步累積連續碎裂（ddaPASEF）掃描模式進行差異定量蛋白質組學分析。該技術是對傳統label free蛋白質組學的升級，其核心是將數據依賴采集（DDA）與同步累積連續碎裂（PASEF）相結合，外加第四維度的離子淌度分離（基于肽段的碰撞截面積CCS），提高離子利用率和鑒定精準度，以更少上樣量、更快掃描速度，實現蛋白質組學在覆蓋深度、靈敏度、通量方面的全面性提升。
實驗流程
應用方向
藥物應答、基因敲除/過表達的蛋白表達譜分析
植物、微生物生長發育與脅迫逆境生理研究
疾病生物標志物與藥物作用靶點高通量分析
蛋白作用機制與特殊功能蛋白質篩選
各種物種的蛋白質組草圖構建
臨床微量樣本檢測方式，如：外泌體、FFPE石蠟切片、活檢穿刺組織等
數據分析
標準數據分析內容 | |
蛋白質總鑒定數量分析 | 蛋定與定量結果統計、差異結果統計、火山圖、聚類熱圖 |
差異蛋白質功能分析 | 亞細胞定位、結構域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作網絡分析 |
質量控制分析 | 肽段離子質量偏差分布、肽段離子得分分布、蛋白質豐度比分布 |
高級數據分析內容 | |
WGCNA共表達分析 | 獲得與表型強關聯的核心蛋白質 |
趨勢聚類分析 | 探討蛋白質的表達趨勢模式 |
技術優勢
? 4D技術加持，更加適合微量樣本
? 克服標記定量蛋白質組學技術在樣本數量上的限制，靈活方便
? 采用布魯克的timsTOF Pro質譜平臺，檢測速度提升近一倍